Un CeGIDD situé dans un hôpital reçoit avec ou sans rendez-vous les personnes pour des conseils, des dépistages anonymes et gratuits, des traitements des maladies sexuellement transmissibles. Le rendu des résultats de ces dépistages se fait en moins d'une semaine.
Il possède également une unité mobile composée de professionnels de santé et de volontaires associatifs qui se rend auprès des populations cibles à dépister ou éduquer et leur propose des tests rapides d'orientation diagnostique et des dépistages par prise de sang. Le soir, l'unité mobile rentre à l'hôpital et confie les échantillons prélevés pour analyse au laboratoire de biologie de l'hôpital.